Mehl, Eier, Salz und Wasser zu einem zähen, blasenwerfenden Teig verrühren (mit dem Kochlöffel schlagen, bis der Teig Blasen wirft). Etwa 30 Minuten rasten lassen.
Reichlich Salzwasser zum Kochen bringen. Den Teig portionsweise durch ein Spätzlesieb oder von einem nassen Brett direkt ins kochende Wasser schaben. Sobald die Spätzle an der Oberfläche schwimmen, mit einer Schaumkelle herausheben.
Die Zwiebeln in feine Streifen schneiden und in Butter goldbraun rösten. Etwa die Hälfte für die Deko beiseitestellen.
Die gekochten Käsknöpfle in einer ofenfesten Form abwechselnd mit dem geriebenen Käse und der ersten Hälfte der Röstzwiebeln schichten, oben mit Käse abschließen.
Kurz im Rohr bei 180 Grad überbacken, bis der Käse geschmolzen ist. Mit den restlichen Röstzwiebeln bestreuen.
Heiß mit einem Löffel Apfelmus auf jedem Teller servieren.